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商業登記電子証明書を取得しよう【株式会社の社長になるためのミニマムガイド初心者向け

2026/01/21
商業登記電子証明書を取得しよう【株式会社の社長になるためのミニマムガイド 】

 本記事では、筆者が1人会社「株式会社ロジック推し」を起業した経験に基づき、 株式会社設立登記が完了した後の、オンライン申請に必要な、商業登記電子証明書の取得について解説します。
 本記事は、株式会社設立登記が完了している前提です。 まだの場合は、先にそちらをご対応ください。
 freee申請による電子申請を使用する場合は、マイナンバーカードを用いた電子証明書が必要です。 2026年1月に税申告をして発覚しました。 そのためすべての電子証明書をマイナバーカードを用いる形にするのベターです。 ICカードリーダーの購入は必要ですが、本記事で紹介する方法は取らず、マイナンバーカードを電子証明書に用いる形をご検討ください。
商業登記電子証明書を取得しよう【株式会社の社長になるためのミニマムガイド 】

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商業登記電子証明書を取得するための4ステップ


 今後のオンライン申請のために、商業登記電子証明書を取得しましょう。 以下の4ステップで進めれば取得できます。
  1. 商業登記電子証明書発行申請の準備をしよう
  2. 申請してシリアル番号を入手しよう
  3. 商業登記電子証明書を取得しよう
  4. 商業登記電子証明書をインストールしよう

1.商業登記電子証明書発行申請の準備をしよう


 商業登記電子証明書発行申請は、電子証明書取得のご案内に従って進めます。 まずは、申請のための準備をしましょう。

専用ソフトウェアをインストールしよう


 環境として、Windows 10 または Windows 11 のパソコンが必要です。
 そのパソコンに、『商業登記電子認証ソフト』を、前述のページからダウンロードしてインストールしましょう。

ファイルを生成しよう


 『商業登記電子認証ソフト』を起動して、「鍵ペアファイルおよび証明書発行申請ファイルの作成」を行いましょう。 以下のファイルが取得できます。
  • ファイル生成結果(txt)
  • 電子証明書発行申請書(pdf)
  • 鍵ペア
  • SHINSEI
 この中で「鍵ペア」「SHINSEI」は、他に漏らさないよう、大切に保管しましょう。

電子証明書発行申請書の必要欄を埋めよう


 電子証明書発行申請書のpdfは、提出先や提出日が空欄になっていますので、 そちらを埋めて、pdfを再生成します。

2.申請してシリアル番号を入手をしよう


 準備が完了したら、まず、こちらの「オンラインによる商業登記電子証明書の請求等について」を確認しましょう。 問題なければ、登記・供託オンライン申請システム(登記ねっと・供託ねっと)から申請しましょう。
 申請者情報は、マイナンバーカードとスマートフォン(iPhoneまたはAndroid)をお持ちなら、 公的個人認証サービスを利用することで、 商業登記電子証明書の申請に必要な電子証明書の取得ができます。
 申請して承認されたら、シリアル番号を入手しますので、保存しましょう。

3.商業登記電子証明書を取得しよう


 「商業登記電子認証ソフト」を起動して、「電子証明書の取得(ダウンロード)」を選択し、 入手したシリアル番号を入力して、「○〇〇電子証明書.p12」ファイルを入手しましょう。
 このファイルはとても重要なものですので、流出しないよう、厳重に保管しましょう。 「鍵ペア」「SHINSEI」も同様です。
 もし万が一これらが流出したら、なりすましの被害に遭う可能性があります。 迅速に商業登記電子証明書の再発行を申請した方が良いでしょう。

4.商業登記電子証明書をインストールしよう


 「○○○電子証明書.p12」ファイルをダブルクリックして、 Windowsパソコンに、商業登記電子証明書をインストールしましょう。
 これで、商業登記電子証明書の取得は完了、各種オンライン申請ができるようになります。 おつかれさまでした。

【コラム】法務局での申請について


 当社(株式会社ロジック推し)が、この申請をしたときには、公的個人認証サービスが iPhone に対応しておらず、法務局に足を運んで申請しました。
 そのため、法務局で申請する場合の場合の手順についても、ここで記します。 「2.申請してシリアル番号を入手をしよう」の内容に代わるものです。

USBメモリーに申請ファイルを入れよう


商業登記電子証明書を取得しよう【株式会社の社長になるためのミニマムガイド 】 fig.2
 USBメモリー「SHINSEI」ファイルを保存しましょう。

電子証明書発行申請書を印刷・押印しよう


 作成した「電子証明書発行申請書」を印刷して、会社実印を押印しましょう。

現金を用意しよう


 前述のサイトに記載の金額を現金で用意しましょう。 金額が細かいですが、お釣りはでますのでご安心ください。

法務局で申請してシリアル番号を入手しよう


 すべての準備ができたら、法務局で、収入印紙を購入して「電子証明書発行申請書」に貼り付け、申請しましょう。 当社の場合は10分程で承認され、その場でシリアル番号が発行されました。

【コラム】押印は会社実印


 実は当社は法務局提出時に、電子証明書発行申請書に、個人の実印を押して提出していました。
 これは、マイナンバーカードによる申請が可能だというところから、 個人の実印だと勘違いしてしまったためです。
 しかし法務局の方に、「枠外で良いので会社実印を押してください」と言われ、その場で追加で押印して、事なきを得ました。 法務局の担当の方、本当にありがとうございます! 柔軟に対応していただき、助かりました。
 念のため法務局に、会社実印を持って行ったのも、我ながら好プレーでした。 これは、当社が利用している会社設立サービス(freee会社設立)が、 各種申請の持ち物として、その場で訂正できるように、会社実印を含めているおかげです。 そのためfreee会社設立にも大感謝です!

まとめ


 本記事では、株式会社設立登記が完了した後の、オンライン申請に必要な、商業登記電子証明書の取得について解説しました。 専用ソフトのインストールから、取得した電子証明書のインストールまで記載しています。
 当社が申請してから2ヶ月後にこの記事を書いていますが、オンラインでの申請がより便利になるなど、この間で大きく進歩しています。 政府が、DX(デジタルトランスフォーメーション・デジタル技術活用)に、力を入れていると感じます。 このまま、進歩していって欲しいです。

補足

・(当社第1期決算終了後)マイナンバーカードによる電子証明書がベターである旨記載。

カテゴリー:設立後対応,スタートアップ